小班已經長大，選擇過普通男孩的生活，可是他卻發現爺爺馬克不見了，還留給他奇怪的訊息。他找到小玟，卻遇見了天工會的梅吉斯特，才知道爺爺真的失蹤了。他們追查後發現永恆武士跟奇特的外星人又出來作亂，於是他選擇再度戴上Omnitrix，重出江湖，搜救爺爺。

小班他們追查到永恆武士的巢穴，找到了被偷走的外星雷射槍，銷毀之後，梅吉斯特不幸戰亡，他臨終前交代小班必須完成他們正在執行的任務，找到外星科技的來源，阻止外星人的陰謀. 小班獲得凱文的協助，決心要靠自己找到爺爺，拯救地球。

葛洛佛鎮連續發生多起縱火案，麥森警長懷疑是火焰人艾倫犯案，一路追捕他。小班他們接收到天工會徽章的訊號，找到了艾倫，才知道他是擁有超能力的地球外星混血兒，警長誤會他了，在鎮上作亂的另有其人。

凱文又和過去道上的壞朋友牽上線，還把老破車二號拿去換貨，小班知道後非常生氣，但是小玟仍然信任凱文，最後凱文冒險去見仇人魔卡那，遭到魔卡那凌虐，原來他是為了幫小班他們換取全視訊機，因為裡面有馬克留給他們的珍貴訊息，因此他也贏得了小班的信任。

小玟的哥哥肯恩在放春假回家的路上突然失聯，小班他們到聖塔米拉去找他，卻發現他已經被半獸蟲附身，他們還發現爺爺馬克遭到外星人囚禁。馬克為了阻止外星人的陰謀，壯烈的犧牲了自己，小班他們以後必須要靠自己來保護地球了。