Un diverso grupo de reclutas llega a la base de Quantico del FBI para el entrenamiento. Son los mejores, los más inteligentes y los más examinados, así que parece imposible que uno de ellos sea sospechoso de dirigir el mayor ataque en Nueva York desde el 11 de setiembre.

Alex está huyendo y debe ser más lista que Liam y su equipo para entrar en su apartamento en busca de cualquier cosa que pueda ayudar a limpiar su nombre. Mientras tanto, en un recuerdo del entrenamiento en Quantico, los NATS tienen la tarea de encontrar una aguja en un pajar mientras buscan posibles amenazas de seguridad nacional.

Alex recibe información sobre su padre y su pasado con el FBI. Los NATS aprenden el arte de hacer perfiles, y se centran en las fortalezas y debilidades de sus compañeros, desafiando su confianza y camaradería.

En Quantico, los reclutas deben realizar un ejercicio de entrenamiento de rescate de rehenes que sacude a Alex, haciendo que se cuestione su capacidad y si debería dejar Quantico. Mientras, en el futuro, Alex continúa buscando pistas… y encuentra una que cuestiona la inocencia de uno de sus compañeros más cercanos. Pero ¿es su pista realmente lo que ella piensa? Nadie es lo que aparenta.

Los aprendices salen del campus por primera vez mientras realizan su primera misión encubierta. Con una noche llena de eventos impredecibles, Alex y Ryan se acercan mientras se ponen a prueba las habilidades de los reclutas. En el futuro, Alex decide contar su versión de la historia y se sienta para su primera entrevista pública… dejando a todos los que están mirando preguntándose quién está diciendo realmente la verdad.

Los NAT aprenden sobre vigilancia al ponerla en práctica con Miranda y su problemático hijo, Charlie. Shelby intenta mantener alejado a Caleb, pero Raina abre la puerta hacia una relación más cercana con Simon. En el futuro, Alex recibe ayuda cuando intenta piratear un ordenador del FBI.