Los grupos de héroes mantienen el equilibrio de cada mundo. De repente, un ardiente cometa cae sobre uno de estos mundos, el Mundo Neo. Un joven amnésico llamado Wukong Impulse Gundam aparece en el mismo sitio donde cae el cometa. El caos que da comienzo con este incidente comienza a extenderse a otros mundos, uno tras otro. Al mismo tiempo, Zhuge Liang Freedom Gundam descubre mediante la astrología que se acerca un desastre terrible. Él y su amigo Liu Bei Unicorn Gundam se propone salvar los mundos de esta crisis y dan inicio un viaje junto a Wukong.
