Afro Samurai als Kind mit ansehen, wie sein Vater, ein ehrbarer Krieger, von dem gnadenlosen Killer Justice im Duell getötet wird. Justice raubt dem Toten das legendäre Stirnband Nummer Eins, das seinem Träger gottgleiche Kräfte verleiht. Statt auch Afro umzubringen, verhöhnt Justice den Jungen und überlässt ihm voller Hochmut sein eigenes Stirnband mit der Nummer Zwei.

Der kleine Afro Samurai wird nach der Niederlage von allen dahergelaufenen Strassenräubern angegriffen und verprügelt. Afro erwacht nach den schweren Kämpfen in den rettenden Armen der hübschen Okiku, die seine Wunden versorgt. In seinem Delirium träumt Afro von seiner Kindheit, seiner Ausbildung und von alten Freunden. Während seiner Genesung entlarvt Afro Okiku als Spionin, angeheuert von einer mysteriösen Bruderschaft, die sich "The Empty Seven" nennen. Kann er sie aufhalten?

Nachdem Afro wieder völlig genesen ist, trifft er auf den bisher tödlichsten Gegner. Ein künstliches Abbild seinesgleichen konstruiert von den Empty Seven, gespeist mit dem gesamten Wissen und allen Kampftechniken von Afro, wird zu einer ernsthaften Bedrohung. Doch er kann sich bis zu den Empty Seven durchschlagen, wo er von einem bisher unbekannten Kämpfer Hilfe bekommt.

Auf seinem Weg zu Justice, dem Mörder seines Vaters, trifft Afro auf einen weiteren schier unbesiegbaren Gegner. Ein unbekannter Samurai namens "Kuma" mit einem riesigen Teddybären Kopf taucht plötzlich aus dem Nichts auf und stellt sich Afro in den Weg. Während des atemberaubenden Kampfes erkennt Afro seinen Gegner und das Duell nimmt ein tragisches Ende.

Endlich, nach seinem langen und blutigen Rachefeldzug steht Afro seinem Erzfeind Justice gegenüber und es kommt zum finalen Showdown. Kann Afro Samurai das Stirnband Nummer Eins erringen? Oder wird er sterben, wie sein Vater?