FLCL Progressive erzählt die Geschichte der 14-jährigen Hidomi, ihres Klassenkameraden Ide und zwei seltsamer Wesen namens "Jinyu" und "Haruha Raharu", die ihr verstecktes Potenzial freisetzen wollen. Auch Teil des Chaos ist eine allmächtige Existent namens "ATOMSK", ein wunderschöner Chrysler Bel Aire ... und ein altbekannter Vespa-Roller. FLCL: Alternative erzählt von den Abenteuern der 17-jährigen Kana und ihrer Freundinnen Mossan, Hijiri und Pets. Sie führen ein einfaches Leben, bis eines Tages ein Mecha aus den Wolken fällt - inklusive einer seltsamen Frau namens "Haruko".