Die ferne Zukunft. Menschen leben in riesigen mobilen Städten, den Plantations. Stets der Bedrohung der "Kyoryuu" ausgesetzt. Ihre einzige Verteidigung gegen diese: Riesige Roboter namens FRANXX, die nur von einem Jungen/Mädchen-Pärchen gesteuert werden können.

Trotz Mitsurus Zustand nach seinem Einsatz in Strelizia an Zero Twos Seite ist Hiro fest entschlossen, mit Zero Two in die Schlacht zu fliegen. Da hat er allerdings die Rechnung ohne Papa und die anderen Befehlshaber gemacht, die Zero Two und Strelizia zurück an die Front ordern. Derweil taucht ein neuer Kyoryuu auf, mit dem Ichigo und die Truppe nun alleine fertig werden muss.

Nach einer Frechheit der Jungs haben die Mädchen keinen Bock mehr auf sie. Die Unterkunft wird in zwei Seiten geteilt, doch schnell wird klar, dass die Mädchen dadurch auch nicht besonders glücklich werden. Während im Trupp 13 Zoff herrscht, stellt sich die Frage, ob sie sich vor dem nächsten Kyoryuu-Angriff wieder zusammenraufen.