Die ferne Zukunft. Menschen leben in riesigen mobilen Städten, den Plantations. Stets der Bedrohung der "Kyoryuu" ausgesetzt. Ihre einzige Verteidigung gegen diese: Riesige Roboter namens FRANXX, die nur von einem Jungen/Mädchen-Pärchen gesteuert werden können.

Trotz Mitsurus Zustand nach seinem Einsatz in Strelizia an Zero Twos Seite ist Hiro fest entschlossen, mit Zero Two in die Schlacht zu fliegen. Da hat er allerdings die Rechnung ohne Papa und die anderen Befehlshaber gemacht, die Zero Two und Strelizia zurück an die Front ordern. Derweil taucht ein neuer Kyoryuu auf, mit dem Ichigo und die Truppe nun alleine fertig werden muss.

Nach der großen Schlacht wird den FRANXX-Piloten ein freier Tag gewährt. Doch das ist nicht das Einzige, was der Sieg über die Massen an Kyoryuu änderte. Hiro ist nämlich nun ein offiziell anerkannter Parasite und Teil von Truppe 13. Weswegen Zero Two ebenfalls als Hiros Partnerin zugeteilt wird.