Yamato wird nach einer Prügelei eingesperrt. Teru taucht auf und schlägt ihm einen Deal vor. Als Gegenleistung dafür, dass er ihn rausholt, soll er einen Job für ihn annehmen. Yamato und sein Rivale Ryugo machen sich auf den Weg zum Treffpunkt, werden aber von Terus Schlägern attackiert. Als sie die Schlägerei gewinnen, bringt Teru sie in den Untergrund, wo der Schock ihres Lebens auf sie war...

Yamato, Teru und Ryugo steigen in Musashi und verlassen die Zuflucht. Draußen erwartet sie ein erbitterter Kampf gegen die Aliens. Yamato und sein Team stürzen sich ins Getümmel und erringen dank Musashis Fähigkeiten einige Siege. Doch die Aliens verwandeln ihre Kampfmaschinen und drehen den Spieß um.

Arshem ergreift von Asunas Körper Besitz und setzt Yamato nach, um ihn zu töten. Der Versuch scheitert jedoch, da er sie bemerkt. Um ihre Tarnung aufrechtzuerhalten, behauptet sie, dass sie in ihn verliebt sei. Später erfahren Yamato und seine Teamkameraden, dass einer der Piloten ermordet wurde.

Der Austauschschüler Reiji wirkt auf seine Mitschüler unheimlich, weil er seine ganze Zeit mit Katzen zu verbringen scheint. Als er eines Tages eine Katze verfolgt, stolpert er in die Oblivion Bay. Wie von einer geheimnisvollen Macht gelenkt, klettert er in das Cockpit des neuen Rogue. Mit der Katze an Bord aktiviert er den Autopiloten und fliegt aufs Schlachtfeld.

In der Stadt treffen Yamato und Co. auf eine Gang aus Ryugos Vergangenheit. Sie folgen der Gang in ihr Versteck und sind sie überrascht, wer sich als der Boss der Gang herausstellt. Es kommt zu einer Schlägerei, die durch Reiji unterbrochen wird. Yamato und Co. erhalten den Befehl, sich in der Basis zu melden. Sie ziehen an der Seite von Reiji in die Schlacht und kämpfen zum ersten Mal gemein...

Bei einem Treffen der Befehlshabenden erklärt Sayaka den Plan, Ixia an die Oberfläche zu bringen und das legendäre Sanctuary anzusteuern. Aber um das Ziel zu erreichen, ist ein ausgeklügeltes Betriebssystem nötig. Schließlich werden sie von Takumi und Kota entdeckt, die sich nach Oblivion Bay geschlichen haben, um sich die neuen Rogues anzusehen.