Nachdem Jackson Gibbs Besuch von Paloma Reynosa hatte, ist er vorübergehend zu seinem Sohn gezogen. Gibbs bittet Mike Franks, seinem Vater – zusätzlich zu den Personenschützern des NCIS – Schutz und Gesellschaft zu bieten. Alles ist ruhig, doch durch einen Mord, den Gibbs und sein Team untersuchen, wird klar, dass Paloma auf dem Weg nach Washington und damit zu Gibbs ist. Sie will den Tod ihres Vaters rächen …

Nicholas Masons Enkelin ist entführt worden. Kurz darauf werden mehrere Männer ermordet aufgefunden. Es stellt sich heraus, dass Mason sowohl seiner Familie als auch dem NCIS gegenüber falsche Angaben bezüglich seiner Vergangenheit gemacht hat. Er hat vor langer Zeit an einer staatlich initiierten Geheimoperation teilgenommen und war mit sieben anderen Personen als Agent tätig. Nach Ende des Projekts waren noch drei Teammitglieder übrig, zwei von ihnen sind nun ermordet worden.

Im Haus von Marine Sergeant Heather Dempsey wird eingebrochen, als sie sich dort mit ihrem Geliebten Gary Tolin vergnügt. Sie erschießt den Eindringling. Heather streitet trotz aller Hinweise ab, in der fraglichen Nacht Besuch gehabt zu haben. Gibbs findet über seinen alten Mitstreiter Fornell heraus, dass Tolin ein ranghoher FBI-Beamter ist. Im Zuge der Ermittlung kommt auch heraus, dass Dempseys Bruder bei einer Schießerei zwischen zwei Drogen-Gangs schwer verletzt wurde …

Ein Officer wird ertränkt und mit aufgeschlitztem Bauch gefunden. Zwischen seinen Zähnen findet Ducky einen Fetzen von einem 100-Dollar-Schein. Abby stellt fest, dass das Geld mit einem Markierungspulver behandelt wurde wie es bei der CIA üblich ist. Der Tatort befindet sich auf einem britischen Schiff. Major Malloy, der Verbindungsoffizier, weigert sich aber, das Schiff durchsuchen zu lassen. Das markierte Geld war für eine CIA-Operation in Afghanistan bestimmt …

Während eines Radiointerviews bei einem kleinen Provinzsender werden der Moderator Adam Gator, sein Gast, der Navy Commander Daniels, und ein Techniker erschossen. Der Anschlag galt eigentlich Gator, der in seiner Sendungen publik gemacht hatte, dass ihn sogenannte Fans für ihre falsch verstandenen patriotischen Ziele einspannen wollten. Weil er diese verhöhnte, musste er sterben. Gibbs und seine Leute kommen bei den Ermittlungen einer Gruppe reaktionärer Bürger auf die Spur …

Clea Thorson läuft vor einen fahrenden Bus und stirbt. Sie hat für die Firma Gen-One als Chemie-Ingenieurin an einem Projekt für die Navy gearbeitet und galt als Genie, aber auch als schwierig im Umgang. Ducky stellt fest, dass Clea schwer krank war. Auf ihrem Körper finden sich unendlich viele Formeln und Koordinaten, die sie selbst dorthin geschrieben hat. Abby ist fasziniert von Cleas Denkweise. Sie glaubt, wenn sie ihren Wegen folgt, kommt sie ihrem Geheimnis auf die Spur …