Ethan Burke ist Agent beim Secret Service. Zwei seiner Kollegen sind verschwunden. Nun soll er ermitteln, was passiert ist und wo sich die beiden befinden. Seine Recherchen führen ihn nach Idaho. In der Nähe des verschlafenen Städtchens Wayward Pines baut er einen schrecklichen Autounfall. Ethan sieht danach zwar ziemlich übel zugerichtet aus, überlebt den Crash allerdings. Viel schlimmer erscheinen ihm schon bald dieser seltsame Ort und seine Bewohner. Irgendetwas stimmt hier nicht…

Der Auftakt von “Wayward Pines Season 2” setzt direkt am Ende der ersten Staffel an: Die Bewohner von Wayward Pines kämpfen gegen die eiserne Herrschaft der ersten Generation. Dr. Theo Yedlin – ein neuer Bewohner von Wayward Pines – erwacht aus seiner Starre und landet inmitten dieser Rebellion und versucht zu verstehen, worum es sich bei Wayward Pines in Wirklichkeit handelt und wie er helfen kann, die gefährdete menschliche Rasse zu bewahren. CJ Mitchum – ein bekannter Bewohner der Stadt – kennt sich mit der Ursprungsgeschichte der Stadt ausgezeichnet aus und kann Wissen aus der alten und der neuen Welt liefern. Megan Fisher leitet das wissenschaftliche Team um die Zukunft der Menschheit zu sichern…

Theo sucht noch nach einem Lebenssinn für sich in Wayward Pines. Als er feststellt, dass er der einzige Chirurg in der Stadt ist, nutzt er seine Profession als Druckmittel, um Antworten auf seine Fragen zu bekommen und mehr über den Status seiner Frau und die Wahrheit über die Stadt zu erfahren.

In einer Reihe von Rückblicken erfährt an, wie und warum Jason zum Anführer der ersten Generation herangezogen wurde und warum er das Lieblingskind von Wayward Pines ist. Unterdessen wird Schwester Pam zur tödlichen Bedrohung für die Stadt und Leo gräbt tiefer nach Informationen, warum er auserwählt worden ist, Teil der Bevölkerung von Wayward Pines zu sein.

Xander kehrt nach Wayward Pines zurück und hat jemand Unerwarteten im Schlepptau, um mehr über Abbies Pläne zu erfahren. Rebecca muss sich unterdessen mit Megan zusammenraufen, um Lucy zu helfen. Diese versucht der Tradition von Wayward Pines zu entkommen. CJ führt, allen Protesten von Theo zum Trotz, eine Expeditionsgruppe hinter den Zaun, um das Gebiet für die Menschen der Stadt zu erschließen.

Rebecca erinnert sich an ihr erstes Treffen mit Pilcher und die Erschaffung von Wayward Pines wird enthüllt. Theo ist von Rebeccas offenbartem Geheimnis schockiert. Terese erzählt CJ und Adam, dass sie außerhalb der schützenden Mauern leben will und Megan führt Experimente an einer Gefangenen durch…