Le jeu de survie "Run for the Money" fait fureur au sein de la colonie lunaire. Souya Tomura, qui vit dans les étages inférieurs de la colonie et n'est pas qualifié pour participer à ce jeu, apprend qu'un autre habitant en a fait partie.

Le Destructeur s'éveille, et une mission commence. Les joueurs doivent survivre à Shibuya, devenue "ville aux monstres", tandis que les chasseurs poursuivent leur traque. Jusqu'au moment où résonne le cri d'une jeune fille.

Le monstre a évolué et continue de ravager Shibuya. Les joueurs ne cessent de fuir et leur seul espoir de l'arrêter, le professeur Tanba, est en grand danger. Le temps presse, et l'endroit où il se trouve reste inconnu.

Shibra, la monstrueuse créature, a tissé sa toile sur l'ensemble de la ville, empêchant dès lors tout repli alors que les chasseurs se rapprochent dangereusement. La seule chance de la vaincre réside dans une arme fabriquée par le professeur Tanba.

Le poison dilué dans l'air de Shibuya empêche Haru et les autres joueurs d'échapper aux cinq Chasseurs à leur trousse. Pour honorer ses amis, Sawyer se lance dans une Mission de Reprise. Il fend le ciel à l'assaut de cette mystérieuse créature.

Le Destructeur a pris sa forme finale, et ravage Shibuya de sa force herculéenne. L'heure de vérité approche pour les joueurs, et une jeune fille entend faire face à Shibra.