EUA, 2045. A Major e sua equipe, incluindo o novato Stan, trabalham como mercenários e defendem uma cidade contra criminosos; Togusa recebe uma ligação.

Armados por um homem misterioso, inimigos atacam o Ghost com drones dotados de inteligência artificial; Togusa aceita uma missão para restabelecer a paz.

Togusa tenta encontrar sua antiga equipe no ciberespaço; os membros do grupo são raptados por uma misteriosa organização americana que deseja contratá-los.

Togusa assume um risco calculado ao investigar John Smith e o desaparecimento da equipe; os membros do Ghost questionam o verdadeiro objetivo da missão.

Aramaki vai atrás de Kusanagi em uma corrida contra o tempo; os membros do Ghost dão início à missão, mas a segurança cibernética de Huge provoca uma mudança de planos.

Após um encontro da Seção 9, Kusanagi e seus colegas descobrem a existência de pós-humanos, uma nova ameaça à humanidade.