Joe Logan mora no subúrbio com sua esposa e filho. Uma noite a sua casa é atacada por uma gangue de ladrões. Joe acorda em um hospital onde é visitado pelos agentes Mike e Emma do FBI. Eles pedem sua ajuda na investigação.

Higan, ex-Joe Logan, interroga o chefe ninja em uma casa abandonada. O clã ninja servia originalmente ao Japão, mas os assuntos globais e uma mudança na liderança o colocaram sob a bandeira de um país mais poderoso.

Yamaji responde as perguntas de um de seus tenentes chamado Lil. Eles discutem como Higan sobreviveu após ao ataque inicial e por quais motivos o ninja conhecido como "The Reaper" ainda não foi encarregado de eliminá-lo.

O misterioso benfeitor avisa Higan que é impossível ele se infiltrar na cidade de AUZA sem qualquer ajuda. Mike e Emma saem do acidente com ferimentos leves e retomam a investigação sobre AUZA e os ninjas.

Continuando sua investigação sobre os ninjas, Mike usa informações de Emma para rastrear Jason. Ele quer se vingar de AUZA e concorda em ajudar Mike rackeando um dos seus sites.

Aska resgata Higan dos escombros e trata seus ferimentos. Acontece que Aska é Emma, uma ninja que não só foi enviada para se infiltrar no escalão do FBI, mas também foi a misteriosa benfeitora que ajudou Higan.