Dans le village de Raki, une se?rie de meurtres émeut la population. Le doyen fait appel a? l'Organisation pour intervenir. Claire, l'une des tueuses aux yeux d'argent, se pre?sente pour honorer la mission. Elle de?busque vite le monstre en la personne du fre?re de Raki, puis quitte le village sans un remerciement de la part de ceux qu'elle a sauve?s. Seul Raki semble concerne? et de?cide de lier son destin a? celui de Claire. Une nouvelle mission parvient a? la Claymore dans un village des alentours. Le de?mon tente de la pie?ger en prenant Raki en otage...

Un myste?rieux individu re?ve?le a? Raki la condition des Claymores. Ainsi le jeune homme de?couvre que, bien qu'ayant une a?me humaine, Claire est en perpe?tuel conflit avec son corps de?moniaque. Dans le me?me temps, Claire rec?oit une mission spe?ciale. Une feuille noire lui est remise, signifiant la mise a? mort d'une de ses comparses dont la volonte? humaine arrive a? e?puisement...

Une mission particulie?re est confie?e a? Claire. Elle doit investir incognito une ville sainte pour traquer une malebe?te cache?e dans l'e?glise dont l'entre?e est interdite aux cre?atures surnaturelles. Pour cacher ses yeux d'argent, Claire doit prendre une drogue qui affaiblit ses pouvoirs. Gra?ce a? la pre?sence de Raki a? ses co?te?s, elle parvient a? tromper les habitants. Alors que la tueuse commence sa traque, deux soldats au service de l'e?glise lui barrent le passage. Un affrontement a lieu... et la malebe?te apparai?t.

Claire est grie?vement blesse?e suite a? son dernier combat. Apre?s de longs jours de convalescence, elle de?cide de faire appel a? l'aide du Pre?tre Vincent afin d'organiser une confrontation avec tous les pre?tres de l'e?glise. A? sa grande surprise, aucun des humains pre?sents ne semble de?moniaque. La mission de la tueuse semble bien compromise, surtout qu'un danger bien plus grand survient au pire moment...

The?re?se, l'une des Claymores les plus puissantes, arrive dans un village pour remplir sa mission. Son chemin croise alors celui d'une petite fille qui aurait e?te? capture?e et martyrise?e par les malebe?tes tue?es par la Claymore. Malgre? les menaces de la tueuse, l'enfant de?cide de la suivre. De?shydrate?e et a? bout de forces, l'enfant s'e?croule devant The?re?se qui daigne s'occuper d'elle de peur d'avoir des proble?mes. Mais la tueuse se prend d'affection pour la gamine et de?cide de l'appeler Claire...

The?re?se est attaque?e par un brigand qui veut abuser de son corps. Claire intervient pour les se?parer car la tueuse ne peut violer la loi qui interdit aux Claymores de tuer les humains. Arrive?e dans le village de sa future mission, The?re?se abat le de?mon et de?cide de laisser Claire sur place. Elle de?couvre cependant que les bandits qui les avaient suivies avaient pour cible ce me?me village, laisse? sans de?fense une fois le de?mon terrasse?. Une fois sur place, The?re?se de?couvre le massacre. Emporte?e par la fureur, elle brise l'interdit s'exposant ainsi a? la sanction de l'Organisation...