Matilda (Mara Wilson) ist ein außergewöhnlich intelligentes Kind, doch leider vernachlässigen ihre Eltern Harry und Zinnia Wormwood (Danny DeVito und Rhea Perlman) sie sträflich. Sie sind zu dumm und zu sehr mit ihrem eigenen kleinen Leben beschäftigt, um zu bemerken, dass in ihrer Tochter ein Genie schlummert. Als die Wormwoods endlich Matildas Wunsch nachgeben und sie zur Schule gehen lassen, schicken sie sie in die trostlose Crunchem Hall, wo die Schüler in ständiger Angst vor der Direktorin Frau Knüppelkuh (Pam Ferris) leben. An diesem dunklen Ort findet Matilda Zuneigung nur bei der warmherzigen Lehrerin Miss Honey (Embeth Davidtz), die die außergewöhnlichen Fähigkeiten des Mädchens erkennt, auch ihr besonderes Talent, mit dem sie den Spieß gegenüber den Erwachsenen umdrehen kann.