Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Shredder haben sich die vier Ninja Turtles Leonardo, Raphael, Donatello und Michaelangelo abermals in den New Yorker U-Bahnschacht zurückgezogen. Doch plötzlich müssen sie zu einer Rettungsexpedition durch Raum und Zeit starten. Ihre Freundin April O'Neil ist nämlich durch ein magisches antikes Zepter ungewollt im Japan des 17. Jahrhunderts gelandet, wo sie der gefürchtete Herrscher Lord Norinaga als Hexe in ein Verließ sperrt. Natürlich machen sich die vier Superhelden auf, ihr Mädchen zurückzuholen. Doch so einfach ist das nicht, denn die Samurai des antiken Japan sind ganz andere Gegner als die Foot-Gang-Fighter von New York…