Kurz nach der Schlacht von New York ist die Existenz von Superhelden und Aliens nicht länger ein Geheimnis. Die Welt muss lernen mit diesem neuen Wissen umzugehen. Agent Phil Coulson kehrt zurück. Er verfolgt eine mysteriöse Gruppe von Bösewichten. Um diesen unbekannten und nahezu unsichtbaren neuen Feind aufzuspüren, hat er eine kleine Gruppe ausgewählter S.H.I.E.L.D.- Agenten um sich versammelt. Dieses S.H.I.E.L.D.-Team hat eine Mission: All das Neue, Fremdartige und Unbekannte auf der Erde zu untersuchen und die Gewöhnlichen vor den Außergewöhnlichen zu beschützen.