A Times Square viene ritrovata una donna in stato confusionale. L'unico indizio utile per risalire alla sua identità è un tatuaggio con il nome dell'agente FBI Weller.

Un misterioso tatuaggio porta gli agenti a indagare su un pilota con un passato difficile. Weller, intanto, continua a indagare sull'identità di Jane.

Patterson e David iniziano a decifrare il significato dei tatuaggi sul corpo di Jane. Un messaggio nascosto tra quei segni sembra presagire un drammatico complotto mondiale con conseguenze catastrofiche.

Durante una rapina ad una gioielleria un criminale rimane ferito e viene arrestato. L'uomo ha un tatuaggio identico a quello di Jane. Da questo elemento nuovo parte la ricerca dei complici della banda.

Un tatuaggio di Jane porta in un luogo dove due uomini armati si sono barricati con alcuni ostaggi. Il posto non è altro che un sito secretato che la CIA usa per compiere azioni vietate. Quando la squadra dell'FBI condotta da Weller irrompe, si trova di fronte ad una strana situazione.

La squadra viene a conoscenza di un'applicazione che permette di rintracciare i veicoli governativi. Jane e Weller tentano di mantenere la propria relazione in un ambito professionale.