Einem bösen Zauberer wäre es vor 800 Jahren fast gelungen, die Erde zu unterjochen. Seither wird der Magier tief unter der Erde gefangen gehalten. Doch auf der Erde brauen sich neue Gefahren zusammen. Miese Mächte formieren sich, um die Weltherrschaft an sich zu reißen. Für einige Schüler der Norrisville Highschool bedeutet das eine große Herausforderung. Denn alle vier Jahre wird einer von ihnen heimlich zum Ninja ausgewählt und ausgebildet, um den Zauberer unter und die Schurken auf der Erde in Schach zu halten. Dieses Mal entdeckt Teenager Randy Cunningam das Ninjanomicon: Es enthüllt ihm, dass sein bisheriges Computerspiel "Ninja" nun für ihn Realität wird und er als Norrisvilles neuester Ninja auserwählt ist. Ein Erbe, das er streng geheimhalten muss. Gestärkt durch die Kraft seines Ninja-Anzugs, zieht er in die Schlacht gegen den teuflischen McFists Monster Krakenstein. Wenn er dabei Hilfe braucht, kann Randy sich auf seinen besten Freund Howard verlassen.