Willkommen auf dem Mond: Die Pinguine sind die ständigen Störungen durch König Julien leid. Kurzerhand unternehmen sie eine Reise zu einem Ort, an dem wirklich absolute Ruhe herrscht – nämlich zum Mond! Ganz und gar ungestört sind die Agenten-Pinguine aber selbst hier nicht. Denn auf dem staubigen Erdtrabanten lebt auch eine „Mondkatze“, die ihre ganz eigenen Pläne mit den Pinguinen hat. Geister im Gehege: Unheimliche Geräusche hallen nachts durch den Zoo. Marlene wird durch das gruselige Heulen in Angst und Schrecken versetzt. Um ihre Furcht zu besiegen, wagt sie sich mit Skipper in die Kanalisation und sucht nach dem Ursprung der nächtlichen Lärmbelästigung. In den dunklen Tiefen wartet eine Überraschung auf die beiden Abenteurer.

Rückruf der Kuscheltiere: King Julien ist eifersüchtig auf Mort, weil dessen Plüschpuppen im Souvenirshop des Zoos der absolute Renner sind. Deswegen manipuliert er die neue Lieferung der kuscheligen Doppelgänger, damit sie direkt in die Fabrik zurückgeschickt werden. Mort will dies jedoch verhindern und hüpft in den Karton zu seinen Plüschdoubeln. Die Pinguine und Marlene eilen ihm sofort in die Fabrik hinterher und starten eine Befreiungsaktion. King Julien-Tag: Es ist wieder soweit: Der alljährliche King-Julien-Tag steht an! An diesem Tag wird der Lemurenkönig von allen Zootieren gefeiert und es wird ihm gehuldigt, was das Zeug hält. So will es Julien zumindest. Maurice fällt es jedoch schwer, die Zoobewohner dazu zu überreden. Es gelingt ihm schließlich nur, weil er ihnen als Belohnung eine prall gefüllte Pinata in Aussicht stellt.

Brüten ist Männersache: Marlene findet in ihrem Gehege ein Ei und bringt es den Pinguinen zum Ausbrüten. Skipper wehrt sich zunächst dagegen, doch Kowalski macht ihm klar, dass das Bebrüten bei den Pinguinen Männersache ist und als King Julien ebenfalls Ansprüche auf das Ei erhebt, gibt Skipper schließlich nach. Die Pinguine kümmern sich im Schichtsystem um „Eilein“, auch wenn es zwischendurch als „JJ-Julien Junior“ bei King Julien landet, der Mittel und Wege findet, an das Ei heranzukommen. Nicht ohne meine Batterien: King Julien stört die Nachtruhe der Zoobewohner, indem er alle mit lauten Beats aus seinem Ghettoblaster beschallt. Skipper reißt schließlich der Geduldsfaden und er stibitzt King Julien die Batterien aus dem Kassettenrecorder. Allerdings nimmt der Lemurenkönig die sofortige Verfolgung auf und eine wilde Jagd durch den Zoo beginnt. Zu ihrem Pech landen die Beiden ausgerechnet in Joeys Gehege, denn Joey ist ein Känguru, das ausgesprochen unwirsch auf jegliche Eindringlinge reagiert.

Alles oder nichts: Die Pinguine spielen „Erobere die Fahne“ gegen King Julien, Maurice und Mort. Egal wie sehr sie sich auch bemühen, ihre Gegner gewinnen jede Spielrunde. Den Pinguinen ist dies ein absolutes Rätsel und sie verlieren ihr gesamtes Hab und Gut als Preisgeld an King Julien. Doch schließlich geht ihnen ein Licht auf. Es gibt nur eine einzige Möglichkeit, wie es dem Ringelschwanz immer wieder gelingt, zuerst die Fahne zu erobern: Als Halbaffe schwingt er sich selbstverständlich von Baum zu Baum und bewegt sich auf diese Weise viel schneller fort, als die Pinguine auf dem Boden. Und so fordern sie King Julien zu einer letzten Revanche heraus, bei der es um Alles oder Nichts geht. Füße anfassen verboten! - Allen Untertanen King Juliens ist es strengstens untersagt, die königlichen Füße zu berühren. Als absoluter Fußfetischist ist dieses Verbot für Mort nur sehr schwer einzuhalten und schließlich passiert es doch: Er berührt sie. King Julien schickt Mort daraufhin für immer und ewig ins Exil. Die Pinguine haben Mitleid und nehmen ihn in ihr Team auf, um ihn von seinem Drang zu befreien.

Internet Superstar: Um neue Besucher anzulocken, installiert der Zoo überall auf dem Gelände Webcams, über die man die Tiere bei ihren täglichen Verrichtungen beobachten kann. Private ahnt von alldem nichts – und wird dank seiner Eskapaden zum Star der Internet-Gemeinde. Königlicher Kopfschmuck: Durch Skippers Schuld verliert König Julien seine heiß geliebte Krone, die in der Kanalisation landet. Ohne dieses herrschaftliche Utensil kann der Chef-Lemur selbstverständlich nicht auskommen. So müssen die Pinguine sich auf einen gefährlichen Trip in den übelriechenden Untergrund von New York wagen und die Krone wiederbeschaffen.

Geheimnisvolle Nachbarn: Im Zoo wurde ein neues Gehege gebaut und Marlene macht sich mit Mort auf den Weg dorthin, um die neuen Nachbarn Willkommen zu heißen. Allerdings ist es dort äußerst unheimlich und außer geheimnisvollen Fußspuren ist von den Bewohnern des Geheges nichts zu sehen. Plötzlich kommt ein riesiger Tentakel aus dem Nichts und entführt Mort. Marlene holt die Pinguine zu Hilfe und gemeinsam versuchen sie Mort zu finden und zu befreien. Jedoch verschwindet einer nach dem anderen auf dieselbe Weise, bis schließlich Kowalski allein auf weiter Flur steht. Er ringt sich endlich dazu durch, einmal auf seinen Bauch zu hören, anstatt auf seine Denkerbirne, und handelt instinktiv. Der neue Gebieter: King Julien dreht völlig am Rad und wird mit knallroten Augen und irrem Gelächter in die Tierklinik eingeliefert. Da sein Königreich auch weiterhin regiert werden muss, setzt Skipper kurzerhand Maurice als Ersatzkönig ein. Doch bereits nach kurzer Zeit ist dieser nicht mehr wieder zu erkennen. Aus dem gutmütigen lieben Moppelchen ist ein fieser, unbarmherziger Gebieter mit roten Augen und geistesgestörtem Gelächter geworden, dem sich alle Zootiere unterwerfen und bedingungslos gehorchen sollen. Die Pinguine stellen sich jedoch gegen ihn und versuchen, der Ursache auf den Grund zu gehen. Sie finden heraus, dass sowohl King Julien, als auch Maurice verdorbene Litschi-Nüsse gegessen haben, die als Resultat dieses seltsame Verhalten hervorrufen.