Deep Space Nine befindet sich in der Hand des Dominion. Captain Sisko erhält unterdessen von Admiral Ross einen Geheimauftrag. Er soll einen Asteroiden zerstören, auf dem das für die Jem'Hadar lebenswichtige Tetracel-White gelagert wird.
Weil Wechselbälger die Erde angreifen, reist Sisko zurück zu seinem Heimatplaneten, wo er und Odo einen Krieg mit dem Dominion verhindern oder sich auf diesen vorbereiten müssen.
Nachdem das Wurmloch geschlossen wurde, sucht Sisko nach einer Möglichkeit, den Kontakt zu den bajoranischen Propheten wiederherzustellen.
Bei der Suche nach einer bajoranischen Kugel erkennt Sisko die Wahrheit über seine eigene Existenz.
Bei der Kriegsvorbereitung der Erde gegen das Dominion entdecken Sisko und Odo Beweise dafür, dass die Sternenflotte der Föderation die Kontrolle über den Planeten entreißen will.