Wie konnte Finch einst ohne den Mann im Anzug arbeiten? Geheimnisse seines Unternehmens aus der Zeit vor Reese werden gelüftet - darunter auch alarmierende Verbindungen zu aktuellen Ereignissen.
Im Schlusskapitel der dritten Staffel greift das verzweifelte Team zu extremen Mitteln, um den Netzauftritt der bösartigen künstlichen Intelligenz namens Samaritan zu verhindern.
Samaritan zeigt seine wahre Macht, als es für 48 Stunden die Kontrolle über New York übernimmt und alle Verbrechen beseitigt in dem Versuch, die Maschine aus ihrem Versteck zu locken.
Samaritan startet einen Cyber-Angriff auf die Börse, und das Team muss auf eine lebensgefährliche Mission gehen, um eine globale Katastrophe zu verhindern.
Shaw entkommt ihren Entführern, aber das Team zweifelt an ihrem geistigen Zustand, als sie beginnt, paranoid und leichtsinnig zu handeln.