Liko verlässt ihr Zuhause in Paldea und reist nach Kanto, um sich an der Indigo-Akademie einzuschreiben und eine Pokémon-Trainerin zu werden. Sie ist nervös, aber auch aufgeregt, neue Dinge über sich selbst und die Welt zu lernen. Nachdem Liko ihre Mitbewohnerin Ann kennengelernt hat, erhalten beide Mädchen ihr Partner-Pokémon. Ann ist überglücklich, ein Ottaro zu bekommen und Likos Partner ist Felori, ein Pokémon aus Paldea. Nach einem holprigen Start versucht Liko, sich mit ihrem Pokémon anzufreunden, und langsam entsteht eine Bindung zwischen den beiden. Doch eines Tages wird Liko von einem geheimnisvollen jungen Mann besucht, der behauptet, einen Brief von ihrer Großmutter zu haben. Er scheint auch an Likos Anhänger interessiert zu sein, doch Liko ist misstrauisch...

Liko und Felori fliehen weiter vor Amethio, aber als Friedel mit seinem Glurak auftaucht, ist Amethio gezwungen, die Verfolgung zu unterbrechen und zu kämpfen. Während des Kampfes wird Liko beinahe von einer Attacke getroffen, aber ihr Anhänger umhüllt sie plötzlich mit einer Art Barriere. Darin sieht Liko ein ihr unbekanntes Pokémon, das sich jedoch schnell wieder in den Anhänger zurückzieht. Liko und Felori stürzen, doch Friedel und Glurak fangen sie auf und bringen sie zur Schönen Oliviana, einem Luftschiff, das das Zuhause der Volttackle-Aeronauten ist. Liko hat eine Menge Fragen, aber keine Zeit, sie zu stellen. Denn Amethio hat die Verfolgung wieder aufgenommen, und Friedel ruft einen mächtigen Partner zu Hilfe – Kapitän Pikachu.

Nachdem die Entdecker Felori entführt haben, erwacht Liko an Bord der „Tapferen Oliviana“, während Friedel schon nach den Entdeckern sucht. Da er jedoch ihre Spur verloren hat, besteht Liko darauf, selbst nach Felori zu suchen. Friedel lehnt ihren Plan ab und verrät ihr danach, dass ihre Mutter die Volttackle-Aeronauten gebeten hat, sie zu beschützen. Kurze Zeit später versucht Murdocks Wuffels, Feloris Spur aufzunehmen, während Liko und Mollie Besorgungen machen. Plötzlich hört Liko, wie Wuffels jemanden anbellt, der sie direkt zu den Entdeckern führt... und damit auch zu Felori! Während Friedel und Amethio ihren Kampf fortsetzen, können Liko und Felori durch ein Ablenkungsmanöver entkommen. Als Liko erkennt, dass die Volttackle-Aeronauten gute Menschen sind und Antworten auf ihre Fragen haben, hat sie eine Bitte...

Liko ist jetzt ein Mitglied der Volttackle-Aeronauten und sie erhält die Aufgabe, Ausschau zu halten. Kurz darauf muss die Tapfere Oliviana zu Reparaturarbeiten auf einer Insel landen. Krokel ist plötzlich verschwunden. Ist es vom Luftschiff gefallen? Liko und Felori machen sich auf die Suche und werden von wilden Pokémon gejagt, die wütend sind, weil Krokel ihr Essen gefuttert hat. Währenddessen trifft Krokel Rory, einen Jungen, der auf der Insel lebt und davon träumt, ein Pokémon-Trainer zu werden. Etwas später begegnen Rory und Krokel dann Liko, aber die wilden Pokémon sind noch aufgebracht und hinter ihnen her. Friedel und Kapitän Pikachu eilen gerade rechtzeitig zur Hilfe. Die Volttackle-Aeronauten verabschieden sich von Rory, doch der ist hin- und hergerissen...

Um Krokel wiederzusehen, schleicht sich Rory an Bord der Tapferen Oliviana. Doch die Volttackle-Aeronauten stellen ihn zur Rede! Rory darf da bleiben, um Zeit mit Krokel zu verbringen, aber wo ist es nur hin? Am nächsten Tag muss das Luftschiff woanders landen, um repariert zu werden. Rory schlägt vor, seinen Opa um Hilfe zu bitten. In der Zwischenzeit stürmt Krokel auf der Suche nach Rory über die Insel, doch dann sieht es die Entdecker näherkommen! Als es Rory findet, kehren alle zur Tapferen Oliviana zurück, um gegen die Entdecker zu kämpfen, während die wilden Pokémon der Insel bei den Reparaturen unter die Arme greifen. Als Rory und Krokel in den Kampf einsteigen, gelingt es Krokel nicht, anzugreifen. Findet Rory einen Weg, es anzufeuern?

Amethio hätte sich fast Liko geschnappt, doch ihr Anhänger umgibt sie wieder mit einer Barriere und Rorys Antiker Pokéball leuchtet seltsamerweise zur gleichen Zeit auf. Die drei beginnen zu kämpfen, aber Amethio gewinnt die Oberhand. Als Liko um Hilfe fleht, leuchten der Anhänger und der Antike Pokéball erneut auf und ein Schwarzes Rayquaza erscheint aus dem Antiken Pokéball. Es treibt die Entdecker in die Flucht und fliegt dann davon. Später erklärt Rorys Großvater, dass das Schwarze Rayquaza in einer Legende über einen Antiken Abenteurer erwähnt wird und Rory beschließt darauf, mit Krokels Hilfe ganz offiziell ein Pokémon-Trainer zu werden. Aber wird er sich den Volttackle-Aeronauten anschließen, wenn der Abschied näher rückt?