Rot und sein Rivale Blau verfolgen nur ein Ziel: Sie wollen Prof. Eichs lang gehegten Traum, den Pokédex zu vervollständigen, endlich erfüllen. Schon bald muss Rot jedoch feststellen, dass nicht alles so rund läuft, wie er es sich vorgestellt hat. Blau scheint ein richtiges Naturtalent zu sein, sodass Rot kaum mithalten kann. Wird es Rot gelingen, schnell Fortschritte zu machen und sich als Pokémon-Trainer zu bewähren? Wie soll er es bloß schaffen, seinen ersten Orden in der Marmoria City-Arena zu gewinnen?

Im Pokémon-Center von Lavandia hört Rot zufällig eine Unterhaltung mit. Angeblich soll es im Pokémon-Turm einen Geist geben. Er entschließt sich, der Sache nachzugehen. Zunächst stattet er jedoch dem Pokémon-Clubhaus einen Besuch ab. Dort erzählt man ihm die tragische Geschichte des kleinen Tragosso, das aufgrund der dunklen Machenschaften einer Organisation namens Team Rocket großes Leid erfahren musste. Wer sind diese Bösewichte und was verbirgt sich hinter dem Spuk im Pokémon-Turm?

Nach seiner Ankunft in Saffronia City muss Rot feststellen, dass Team Rocket überall seine Finger im Spiel hat. Als er eine Angestellte der Silph Co . rettet, erfährt er, dass Team Rocket die Firma unter seine Kontrolle gebracht hat, um sich die Produktion der Meisterbälle zu sichern, denn bei diesen handelt es sich um die stärksten Pokébälle der Welt. Die größte Überraschung steht Rot jedoch noch bevor, und zwar in Vertania City!

Nachdem Rot die Top Vier auf dem Indigo Plateau besiegen konnte, ist er bereit, den Champ herauszufordern und so eine neue Dimension seiner Kräfte zu erforschen. Schlagartig muss er feststellen, dass es sich beim Champ um keinen anderen als seinen Rivalen Blau handelt. Zwischen ihnen entwickelt sich ein Kampf von bisher unbekanntem Ausmaß. Auf seiner Suche nach einem geheimnisvollen Pokémon wird Rot noch einige Überraschungen erleben, aber keine noch so schwierige Herausforderung kann ihn von seinem Ziel abbringen!