Jōgorō Kobato und Yuki Osanai haben einen Pakt geschlossen, mit Beginn der Oberschule ein ruhiges Leben als ganz normale Schüler zu führen. Doch schon bald verschwindet an der Schule eine Handtasche auf mysteriöse Weise und Kobato wird um Mithilfe gebeten, den Fall aufzuklären.

Kengo lädt Kobato und Osanai zu sich ein und macht ihnen einen besonders köstlichen Kakao. Gemeinsam mit seiner Schwester versuchen die beiden dem Rätsel der Zubereitung auf den Grund zu gehen.

Während einer Klassenarbeit zerbricht scheinbar von selbst eine Vase im Schrank, doch dahinter steckt ein ausgeklügelter Plan. Dieses Rätsel ist jedoch schnell vergessen, als Osanai den Fahrraddieb wiedersieht und auf Rache sinnt.

Kobato versucht gemeinsam mit Kengo Sakagamis Motiven auf den Grund zu gehen. Es scheint mehr hinter dem Fall zu stecken, als zunächst zu vermuten war. Aber auch Kobatos Sorge um Osanai wächst.

Kobato findet Osanai weinend im Schulflur vor, doch sie läuft davon, ohne ihm zu erzählen, was geschehen ist. Beim Schülerzeitungsklub wartet ein neues Rätsel um Berliner Pfannkuchen auf ihn.

Osanai spannt Kobato in ihre Pläne für die Sommerferien ein. Doch der Kuchen, den er für sie kaufen soll, erweist sich selbst für Kobato als unwiderstehlich.