Thomas y sus amigos descansan después de escapar del laberinto, sintiendo que ya pueden estar a salvo de los peligros, pero les espera una nueva aventura de supervivencia. Este viaje les llevará a un lugar apocalíptico repleto de obstáculos donde serán perseguidos. Ésta vez tendrán que buscar pistas sobre la misteriosa y poderosa organización, Cruel. Thomas deberá descubrir su pasado y saber en quién debe confiar para seguir adelante.