Hace treinta años, un fenómeno extraño llamado "terremoto espacial" devastó el centro de Eurasia y se cobró la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espacian el mundo de manera irregular. Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente ordinario, se encuentra con una misteriosa chica en la zona cero de un terremoto espacial y aprende de su hermana Kotori que ella es una de las "Espíritus" que son la verdadera causa de los terremotos espaciales que ocurren cuando se manifiestan en el mundo. También se entera de que Kotori es el comandante de la aeronave Fraxinus, tripulada por la organización Ratatoskr, y es reclutado para hacer uso de su misteriosa capacidad para sellar los poderes de los Espíritus, lo que les impide ser una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay una trampa: para sellar el poder del Espíritu, debo hacer que se enamore de él y besarla.