S4, E1: Après avoir fait des recherches sur Whistler, Michael est emmené dans un bâtiment. Mahone, Gretchen et Whistler arrivent en limousine et ce dernier entre pour récupérer une étrange carte appelée Scylla. Il en tue le propriétaire ainsi que son garde du corps puis va copier la carte mais Michael arrive et mélange les cartes. Gretchen arrive à son tour. Michael pointe une arme à feu sur elle alors que celle-ci lui apprend que Sara est en vie. Ils sortent du bâtiment, Michael appelle Linc et lui demande ce qu`il a vu dans la boîte. Celui-ci lui apprend que Sucre, Bellick et T-Bag sont sortis de Sona. Lors d'un rendez-vous avec Michael, Mahone partagent ses informations concernant Sara. Whistler est abattu par Wyatt, le tueur à gages. Michael est arrêté par des policiers alors qu`il discutait avec Bruce Bennet. Il est finalement conduit chez un agent fédéral, Don Self.