S2, E3: Le directeur de la prison Harrison a demandé de l'aide à la sécurité intérieure. Il a en sa possession des messages codés dont il sait qu'ils contiennent les noms de trois juges fédéraux. Il s'agit d'un ordre d'assassinat émanant de son établissement : les trois juges seront assassinés à minuit si personne ne parvient à décrypter les messages à temps. Adriana a pensé que l'équipe de Scorpion serait la plus à même d'accomplir cette tâche. Mais le codage est extrêmement complexe et Shima, le chef de gang japonais qui en est à l'origine, a forcément élaboré un manuel pour élaborer de tels codes. Scorpion va donc devoir mettre la main dessus pour pouvoir sauver les juges. Cependant, ils ne peuvent pas enquêter ouvertement dans l'enceinte de la prison car Shima a des informateurs potentiels jusque dans les rangs du personnel. Les capacités de Sylvester la plaçant au premier rang pour cette opération de décryptage, il va devoir se faire incarcérer et se faire passer pour un détenu afin de rechercher, puis d'étudier le manuel sans éveiller les soupçons.