S3, E1: Quand Coulson et son équipe découvrent un nouveau inhumain, le S.H.I.E.L.D doit faire face à une autre organisation qui traque les personnes possédant des pouvoirs. De son côté, toujours rongé par la culpabilité après la disparition tragique de Simmons, Fitz n'hésite pas à prendre des décisions radicales pour découvrir comment la ramener à la vie.