Patrick Jane cherche un moyen pour que des ados en difficulté se confient à lui afin de découvrir comment l’un d’entre eux est mort.
Lorsqu'un assassinat mène l'équipe à une appli délétère qui permet aux criminels de suivre des véhicules gouvernementaux, l'équipe collabore avec son surprenant créateur afin de la supprimer. Alors que Tasha Zapata lutte avec un problème d'ordre moral, Jane et Kurt Weller tentent de maintenir leur relation strictement professionnelle.
Depuis des années, la famille Glossner terrorise le quartier et personne n'ose rien dire. Après un énième incident, les Heck se décident enfin à se rebeller, un par un, contre ces voisins mal élevés.
Dans l'étonnante finale de la première saison, Weller cherche la vérité dans une assertion déchirante et déconcertante. Tandis que Jane demande à une ancienne suspecte (star invitée Aimee Carrero) de l'aider avec Oscar, le reste de l'équipe lutte pour aider un ami.
MacGyver est chargé de repérer et d’arrêter un tueur professionnel. Les choses se compliquent quand on découvre qu’il est lui-même la cible, et que c’est probablement Nikki qui a engagé l’assassin.