Dans la première de la deuxième saison l'heure est aux règlements de comptes. Après avoir trouvé le centre du labyrinthe les hôtes se révoltent contre leurs créateurs humains pendant que le Man in Black traque une nouvelle cible : la Porte.
Bienvenue au Raj. Un nouveau monde entre en scène. Dolores passe à l'action et se retrouve au centre d'un combat à Fort Forlorn Hope et est réunie avec son « père » un homme brisé du nom de Peter Abernathy (LOUIS HERTHUM). Pendant que Charlotte se précipite afin de protéger le trésor de Delos Bernard se rapproche de la vérité et Maeve recherche sa fille.
Un homme flouté apparaît en arrière-plan lors des scènes qui ont été tournées par Sophie Gelson.