Après avoir donné un sursis à Michael de quatre jours, Susan revient sur sa décision et ordonne à Whistler de le tuer. Lechero révèle un passage secret à Sona, qui pourrait être le point de départ de leur évasion. T-bag commence à avoir des doutes sur Michael et Lechero. Whistler tente de s'évader avec un hélicoptère du Cartel mais Michael le retient. Il est transféré.
Mahone est de retour à Sona où Lechero est de plus en plus méprisé pour rester le chef de la prison. Michael et Whistler sont soumis à un interrogatoire à cause de la tentative d'évasion. Bellick et T-Bag se doutent de quelque chose concernant une évasion. Susan emmène Lincoln rencontrer L.J. mais cette dernière va être surprise d'être arrêtée par les autorités panaméennes.
Un espion du Département de Recherche Spéciale mène l'enquête sur les liens personnels de Sydney à l'aide du réseau Rambaldi. Au même moment, au Brésil, Sydney est poursuivie par des hommes armés, et tente de sauver sa peau.
Les détectives retrouvent le corps d'une femme qui a visiblement été dévorée par un énorme serpent. Au fur et à mesure de leur enquête, ceux-ci découvrent l'existence d'un trafic de drogue.
Après avoir sauté de l'hélicoptère, Michael rejoint le rivage. Il est capturé par la police et mis en prison. Un vieil ami nommé Harlan le fait sortir de prison mais lui demande une faveur en retour.
