Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime...
Les supérieurs hiérarchiques de Mulder au FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refusent de croire à sa théorie selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. En plus de cela, il veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre...
Au Kazakhstan, 2 adolescents voient passer un Ovni. Ils rebroussent chemin pour donner l'alerte. Sur les lieux, ils découvrent le chaos : une terrible explosion vient d'avoir lieu. L'un des jeunes témoins, Dmitri, est capturé par des soldats russes...
Dans les campagnes de l'Indiana, des fermes sont visitées par une créature proche de Frankenstein, que les habitants appellent le Grand Mutato. Mulder est mandé par une téléspectatrice pour enquêter sur son cas: elle dit avoir connu la créature.
Deux champions d'échecs, un joueur russe et un adolescent de douze ans, s'affrontent devant un public silencieux. Au-dessus de la foule se cache un sniper qui pointe son arme sur la nuque du jeune champion. Mais au moment de tirer, le joueur russe change brusquement de place et est blessé mortellement.
