Un an a passé depuis la rupture entre Lumen et Dexter. Celui-ci est parvenu à trouver un équilibre entre son activité de tueur en série et son rôle de père. Il s'occupe de son fils avec l'aide de Jamie, la sœur d'Angel Batista. Mais Harrison grandit et doit entrer à l'école, ce qui force Dexter à s'interroger sur les valeurs qu'il veut inculquer à son fils, notamment d'un point de vue religieux.
Frère Sam a été grièvement blessé par un inconnu armé d'un révolver. Debra réalise que son nouveau poste l'éloigne de ses anciens coéquipiers et, délaissée, trouve du soutien auprès d'une psychologue. Batista essaie de couvrir Quinn qui commence à se saoûler régulièrement et dont les coucheries empiètent sur l'enquête des meurtres du Doomsday Killer.
L'acte d'héroïsme de Debra a des conséquences sur sa vie personnelle et professionnelle : le même jour, elle est demandée en mariage par son petit ami et promue lieutenant au détriment de Batista. L'enquête sur l'épicier avec les serpents dans le ventre ramène l'équipe de la criminelle vers le frère Sam, un ancien délinquant accusé de meurtre apparemment rentré dans le droit chemin, et d'une des personnes sauvées par Frère Sam, un jeune métis nommé Nick.
Dexter tente de découvrir l'identité de la prochaine victime des Tueurs de l'Apocalypse avant qu'il ne soit trop tard. Debra a une reaction violente sur la scene d'un crime, ce qui la conduit à se rendre compte qu'elle est bien trop dépendante de son frère.
Brian Moser est de retour (sous forme de fantôme) aux côtés de Dexter. Celui-ci apprend que tous les membres de la famille d'Arthur Michell, excepté son fils Jonah, ont été tués comme le faisait le Tueur de la Trinité , ce qui laisse penser qu'il est de retour. Dexter et son frère se rendent sur place dans le Nebraska et interrogent Jonah qui semble être le véritable meurtrier.
