Henry Goodman

Suite à sa transformation, Skye est mise en quarantaine afin de subir une batterie de tests. Au même moment, Simmons est chargée de submerger la cité afin de la faire disparaître. Elle y croise Raina qui a subi une transformation plus qu'impressionnante. Elle est totalement désorientée. De son côté, Coulson décide d'anéantir les forces restantes d'Hydra. Il monte alors un plan en se servant de leurs points faibles pour les détruire.

Coulson et Hunter, aidés de Mike, récupèrent Fitz et le cube. Coulson veut retrouver Skye, et pour cela, il doit passer un accord avec Ward afin de pouvoir accéder à Hydra. Le vrai S.H.I.E.L.D. est toujours à leur poursuite. De son côté, sans le savoir, Cal se prépare à quitter définitivement sa famille, ce qui inquiète Skye car elle le sait dangereux. Elle l'accompagne lors de la transition.

Suite à l'altercation entre le S.H.I.E.L.D. et Hydra, Skye et son père sont ramenés dans l'autre monde par Gordon, Mike et Lincoln sont capturés par Hydra et Coulson se rend au vrai S.H.I.E.L.D. afin d'obtenir son aide. Ce dernier sait où est situé la base de recherches et d'expérimentations d'Hydra et propose à Gonzales un marché. De son côté, Raina découvre la teneur de son don : la précognition.