Michael Bryan French

Contre la volonté de leur hiérarchie, Mulder et Scully enquêtent sur la disparition d'un pilote d'essai dans une base aérienne de l'US Air Force en Idaho. Mulder soupçonne des expériences sur des appareils utilisant une technologie extra-terrestre...

L'attentat contre Palmer a échoué, mais Jack, suspecté, a été arrêté par les services secrets. Jack tente de se justifier, mais en vain. Finalement, il finit par prendre la fuite en pleine ville et prend une femme en otage.

Dans le premier épisode de la quatrième saison, l’équipe du FBI traque un redoutable agent ennemi, et un nouvel adversaire tout aussi redoutable émerge.

Michael, Lincoln, Mahone, Bellick, Sucre et Sara sont à la recherche de la 2ème carte Scylla. L'agent Self est furieux quand Michael lui apprend que Scylla est répartie entre 6 personnes et lui promet de tous les envoyer en prison si le groupe ne récupère pas au moins une carte avant la fin de la journée. Puis Self apprend de ses supérieurs que l'opération Scylla est abandonnée et part arrêter les évadés. Michael a cependant le temps d'enregistrer une vidéo des conspirateurs, contraignant ainsi Self à accorder un sursis au groupe des évadés. Lincoln se rapproche de Mahone quand il découvre que le fils de ce dernier a été assassiné par le Cartel.

Michael et Lincoln retrouvent T-Bag. Afin d'avoir la seconde carte, ils vont devoir se déguiser en policier. Wyatt traque Sara et pose des questions à Gretchen qui elle essaye de s'échapper. T-Bag arrive à Los Angeles. Le corps de Bruce est découvert.

Mahone s'en prend à Wyatt et le torture. Va-t-il finalement prendre sa revanche pour la mort de son fils? T-Bag s'agite alors que la police enquête sur la disparition de son collaborateur. Un membre de l'équipe fait un ultime sacrifice dans leur plan d'infiltration.