Yann, Raphaël, Emmanuel et Guillaume, font leur entrée au vénérable séminaire des Capucins, laissant une première vie derrière eux. Un cinquième aspirant, José, sort de prison et veut entamer sa rédemption. Au même moment, l’intransigeance du père Fromenger, supérieur des Capucins, le met en conflit avec la hiérarchie de l’Église de France.

Tout le séminaire des Capucins est en émoi après un acte de vandalisme perpétré sur une des statues du séminaire. De son côté, monseigneur Roman, à la tête de l’Église de France, est prêt à faire appel à Rome pour prendre sa revanche sur le père Fromenger, son rival de longue date.

L’enquête des envoyés du Vatican au séminaire des Capucins met le père Fromenger et le père Bosco, son bras droit, face à de douloureux cas de conscience. Les séminaristes, qui s’apprêtent à vivre leur première confession en tant qu’apprenti prêtre, sont pris à parti par des étudiants à la fac et doivent affirmer leur foi.

Pour les fêtes de Noël, Yann, Raphaël, Emmanuel, Guillaume et José sont envoyés en "stage" dans un petit village où un conflit latent entre le prêtre local et sa communauté complique leur séjour. Aux Capucins, le père Bosco décide de partir en secret à Rome pour sauver la tête de Fromenger.

Guillaume entraîne ses amis dans une action de secours au service d’un groupe de sans-logis africains sur le point d’être expulsés d’un squat. Le père Bosco enquête sur la gestion du père Fromenger et ce qu’il découvre le bouleverse…

À la suite d'un drame familial, Raphaël abandonne ses amis, en plein doute sur leur engagement vis-à-vis des sans-abris. Au Vatican, un conflit diplomatique avec la Chine remet en cause la sanction prise contre le père Fromenger.