Shiki et son équipage, poursuivis par un mystérieux vaisseau géant, décident de prendre les choses en main et de l'aborder. Ils découvrent à l'intérieur un secteur entier de la planète Guilst qui a échappé au Croque-mitemps.

Tandis que Shiki affronte Jin, Homura tente d'échapper à Sylphe. De son côté, Rebecca subit les tortures de Daichi, le dernier des Element 4. C'est l'intervention de Drakkhen Joe qui va bouleverser, de façon tragique, toute l'aventure.

L'aventure de Shiki et ses compagnons a tourné à la tragédie, puisque le jeune homme s'est fait exécuter par Drakkhen Joe. Tout l'équipage de l'Edens Zero se retrouve captif. Rebecca se replie littéralement sur elle-même.