Haruka, Makoto et Nagisa, anciens camarades de club de natation pendant leur primaire, se retrouvent au lycée. Ils ont deux points communs : leur passion pour la natation et leurs prénoms féminins. Leur ancien club de natation devant être détruit, ils décident d'y retourner et y retrouvent leur ancien camarade Rin qui était parti en Australie pour devenir un véritable compétiteur.

Suite à leurs retrouvailles avec Rin, Nagisa persuade Makoto et Haruka de former un club de natation dans leur lycée pour l'affronter à nouveau lors de compétitions. Mais il leur faut un quatrième membre pour leur club. Ils lancent une vague de recrutement dans le lycée.

Gou, la petite sœur de Rin, est devenue manager du club de natation d'Iwatobi. Elle parvient à arranger un entraînement avec le lycée de son frère. Mais pour cet entraînement, ils doivent impérativement constituer une équipe de quatre nageurs. Nagisa retourne demander à Rei de rejoindre le club.

Rei a rejoint le club de natation mais il va falloir lui apprendre à nager.

Le tournois préfectoral approche et le club de natation décide d'organiser un camp d'entraînement sur une plage afin d'améliorer son endurance.

Durant le camp d'entraînement, Rei décide de s'entraîner plus que les autres et part en mer de nuit. Il est soudain pris dans la tempête. Makoto part à son secours mais il est paralysé en voyant Rei sur le point de se noyer. Nagisa et Haruka vont à leur tour les secourir.