Red, ainsi que son rival Blue, se lancent dans un périple dont le but est de compléter le Pokédex et réaliser ainsi le rêve du Professeur Chen. Mais son aventure est semée d’embûches. Blue semble plus doué que lui, et Red a du mal à progresser. Red peut-il s’améliorer assez vite pour devenir un Dresseur Pokémon ? Parviendra-t-il à remporter son premier Badge d’Arène à l’Arène d’Argenta ?

Au Centre Pokémon de Lavanville, Red apprend que des fantômes apparaîtraient dans la Tour Pokémon, et il décide de mener l’enquête. On lui conseille de visiter d’abord la Maison Pokémon, où il apprend les mésaventures d’un bébé Osselait victime d’une organisation maléfique, la Team Rocket. Qui sont ces scélérats et que cache vraiment la Tour Pokémon ?

Red arrive à Safrania et découvre que la Team Rocket est passée par là avant lui. Il sauve une employée de la Sylphe SARL et apprend que la Team Rocket s’est emparée de l’entreprise. En effet, ils souhaitent mettre la main sur la Master Ball, la Poké Ball suprême, en cours de développement depuis des années. Mais ce qui pourrait bien être la plus grosse surprise de toutes attend Red à Jadielle !

Après avoir vaincu le Conseil 4 sur le Plateau Indigo, Red est enfin prêt à affronter le Maître et devenir encore plus fort. Il est loin de se douter que le nouveau Maître n’est autre que son vieux rival, Blue ! Leur combat est le plus terrible qu’ils aient jamais mené. Et d’autres surprises attendent Red alors qu’il cherche un nouveau Pokémon mystérieux et qu’il se lance de nouveaux défis !