BD Wong

Alfred e Selina aiutano Bruce a trovare l'assassino dei suoi genitori, Matches Malone (la guest star MICHAEL BOWEN). Nel frattempo, Gordon si mette in contatto con Nygma per scoprire dove si trova Kristen Kringle e Hugo Strange continua il suo trattamento per ridurre l'aggressività di Pinguino.

Dopo aver lasciato il manicomio di Arkham, Barbara cerca di fare ammenda con Gordon. In seguito, Bruce e Alfred rintracciano una persona amica di Thomas Wayne del progetto Chimera, ma Hugo Strange ostacola i loro piani.

Mentre Gordon, Bullock e Barnes continuano a cercare Victor Fries, si trovano costretti a chiedere aiuto a sua moglie Nora (la guest star KRISTEN HAGER). Nel frattempo, Pinguino viene presentato a Hugo Strange e Alfred rivela a Bruce alcune informazioni cruciali sull'assassino dei suoi genitori.

Mentre Gordon, Bruce e Lucius sono ancora alla Indian Hill, Gotham deve affrontare una nuova minaccia: i detenuti di Hugo Strange escogitano un piano per fuggire e iniziare una nuova vita nel finale della seconda stagione.

Nel tentativo di ripulire il proprio nome, Gordon ruba il fascicolo del suo caso e chiede aiuto a Nygma. Nel frattempo, Pinguino scopre il ruolo della sua famiglia adottiva nella morte del padre e si risveglia dal suo "condizionamento".