Brendan Fehr

Alcune prove sono scomparse dal fascicolo sul Becchino e Brennan e Hodgins sono sospettati di averle sottratte. La situazione precipita quando Booth viene rapito dal Becchino e per liberarlo vuole tutte le prove a suo carico. Mentre la squadra fa di tutto per salvarlo, Booth non rimane con le mani in mano e grazie a un amico del suo passato riesce a sconfiggere il piano del Becchino.

Brennan e Booth indagano su un cadavere ritrovato durante un'esercitazione della polizia. All'inizio, il corpo sembra appartenere a un certo Jim Stegman...

Nel finale di stagione, il team indaga su un corpo ritrovato in un famoso nightclub chiamato il Laboratorio. Le indagini prendono una piega insolita e la squadra del Jeffersonian si ritrova a investigare nei panni dello staff del club e come ufficiali di polizia.

La squadra indaga sul caso du un ragazzo, Beaver, appartenente a una confraterninta, ritrovato morto nell'uniforme della mascot di una scuola rivale. Nel frattempo Booth aiuta Jared a trovare un nuovo lavoro.

Brennan e Booth indagano su uno scheletro trovato in una trincea della Guerra Civile. Bones determina che i resti sono di un dentista del presesnte, ma una sostanza incollata alle ossa previene l'identificazione della causa della morte. Intanto il fratello di Booth, Jared, torna con delle novità.