Un'esausta Meredith teme di aver commesso un errore durante un intervento e la cosa potrebbe mettere a rischio la sua carriera. Il progetto di Izzie di organizzare una festa per il suo nuovo ragazzo non va come previsto. Alex cura un paziente con una dipendenza dagli antidolorifici.
L'unica speranza per Fiona di evitare lo sfratto da Patrick è ottenere un prestito dalla banca e fare un'offerta per la casa all'asta. Ian scopre di essere stato salvato da un turno di vigili del fuoco gay.
Patrick Jane sviene quando viene colpito da una pallina da baseball, e rivede alcune scene della sua infanzia trascorsa con il prepotente padre (guest star NICK CHINLUND).
Una bambina di cinque anni resta ferita in una sparatoria. La squadra deve lavorare al caso affrontando nuovi ostacoli, ora che l'attenzione pubblica è focalizzata sulla riforma della polizia.
Gli investigatori indagano sul caso irrisolto di un pedofilo assassinato, il cui corpo fu rinvenuto alcuni mesi dopo il ritrovamento del corpo di un bambino che era stato rapito.