La metà della popolazione umana soccombe a causa di un virus mortale. Una squadra della Marina degli Stati Uniti parte per l'Artico con due medici e si rende conto che il posto più sicuro per sviluppare un vaccino per questa malattia mortale è in mare aperto sulla propria nave.
Con Rachel vicina a una svolta sul suo vaccino, lei, Chandler e XO Slattery guidano una piccola squadra nelle giungle del Nicaragua in missione alla ricerca di scimmie per le sue sperimentazioni sui vaccini.
Chandler e il suo equipaggio si dirigono verso la base militare degli Stati Uniti a Guantanamo Bay nella speranza di raccogliere cibo, forniture mediche e rifornimenti di carburante. Tre squadre vengono inviate per svolgere questi diversi compiti.
La prima stagione si conclude quando Chandler e il suo equipaggio tornano finalmente a casa, dove un ex giocatore di potere di Washington sta respingendo un pericoloso signore della guerra che minaccia le sue speranze di ripristinare la legge e l'ordine nella società.
Giorni dopo una serie difficile di eventi a Gitmo, Chandler e il suo equipaggio sono messi in estrema difficoltà quando il sistema di propulsione della nave subisce un evento catastrofico.