Meredith e George si comportano come estranei al lavoro. La Bailey, sebbene sia ancora tecnicamente in maternità, si ritrova a occuparsi di Addison per un singolare problema femminile.
La premonizione di Meredith di avere una cattiva giornata diventa realtà quando un nuovo caso minaccia la vita del personale della sala operatoria.
Nonostante gli sforzi dello staff del Seattle Grace, la situazione già critica si aggrava.
House irrita Cuddy quando lascia intendere che, in un ospedale, due neonati malati equivalgono a un'epidemia. Le cose peggiorano quando si scopre che potrebbe aver ragione. I piccoli sono messi in quarantena e il reparto di neonatologia viene chiuso. Cuddy fa disinfettare l'ospedale e House discute il suo piano con Cameron e gli altri: sacrificare un bambino per il bene di tutti gli altri.
Uno scontro fra ambulanze mette in pericolo le vite dei paramedici. La Bailey si occupa di un paziente che rifiuta il suo aiuto. Ava cerca Alex e incontra la sua ragazza.