Halloween è pieno di soprese per i dottori. Alex riceve una visita inaspettata da una ex paziente. Meredith si sente perseguitata dalle ceneri della madre. Un chirurgo che Cristina ammira la snobba.
All’insaputa dell’Agente Teresa Lisbon, Jane organizza una poco ortodossa operazione sotto copertura, quando la squadra cerca di catturare un assassino a Napa Valley.
Kellerman e Hale ricattano il direttore della prigione, Pope. Intanto Michael scopre che l'evasione dovrà avvenire prima del previsto.
Tutta la puntata è incentrata sui fatti che hanno condotto all arresto di Lincoln, alla sua condanna e alla decisione del fratello Michael di aiutarlo. Viene anche tratteggiata la vicenda del complotto ordito dal Vice Presidente Cutter, anche se non ne risultano ancora ben chiari i meccanismi...
Grazie all'arrivo della polizia di frontiera, Mahone non può uccidere Michael e Lincoln. Sucre e il pilota sono costretti a lanciarsi col paracadute per evitare i caccia americani ma solo Sucre si salva. Mahone, pressato da Bill Kim, prova a rimanere solo coi due prigionieri ma deve arrendersi alla burocrazia. Sara tenta di contattare Michael lasciando un messaggio in segreteria; poi, venuta ...
