Mentre Gordon e Barnes continuano a ripulire Gotham, Gordon si trova faccia a faccia con uno dei più pericolosi sicari della città, Eduardo Flamingo (la guest star RAUL CASTILLO). Nel frattempo, Nygma e Pinguino si incrociano di nuovo e Bruce fa pressione su Galavan affinché gli sveli il nome dell'assassino dei suoi genitori.
Quando Bruce viene rapito, Gordon deve chiedere aiuto ad alcuni alleati insoliti e pericolosi. In questa battaglia tra criminali, non tutti ne escono vivi.
Galavan e Pinguino uniscono le forze con una pericolosa famiglia di Gotham. Mentre riemerge la rivalità tra i Wayne e i Galavan, Gordon lotta per mantenere l'ordine in città.
Gordon affronta una persona sospetta legata a Galavan, ma non riesce a ottenere alcuna informazione. Nel frattempo, Bruce fa un passo avanti verso la scoperta dell'assassino dei suoi genitori.
L'Unità Vittime Speciali cerca di fermare uno scandalo crescente quando il Capitano Cragen viene arrestato per l'omicidio di una escort. Parte 1 di 2.