Jane e il CBI indagano sull’omicidio di uno stilista caduto in disgrazia, mentre l’agente FBI Susan Darcy continua le sue indagini su Red John.
Jess cerca di placare l'ansia di Winston per la sua imminente paternità rintracciandone il padre perso da tempo. Nel frattempo, Schmidt torna al lavoro per la prima volta dalla nascita di Ruth.
Brennan e Booth indagano sulla sparizione della sorella del detective Ken, un amico di Seeley. Purtroppo il ritrovamento della sua testa amputata conferma l'ipotesi di omicidio e i tre si mettono sulle tracce del killer.
La squadra dell'NCIS deve stabilire se un marine congedato con disonore è l'obiettivo di un'organizzazione internazionale o se l'uomo ha commesso un omicidio.