Quando una liceale mutante di nome Hisako Ichiki scompare nel nord del Giappone, i suoi genitori chiedono aiuto al professor Xavier. Intuendo che la scomparsa di Hisako è di grande importanza per il genere mutante, il Professor X riunisce i suoi X-Men. Tuttavia, a causa della perdita del suo amante, Jean, Cyclops, il leader degli X-Men, si rifiuta di tornare.

Gli X-Men, guidati da Ciclope, si recano in Giappone per cercare il mutante scomparso Hisako. Scoprono che non è la prima mutante scomparsa. La popolazione locale ha dei pregiudizi nei confronti dei mutanti e le indagini degli X-Men sono ostacolate dagli U-Men, un gruppo fanatico di scienziati che sperimenta su mutanti riluttanti.

Gli X-Men trovano Hisako ed Emma Frost, una mutante telepatica, mentre cercano nel quartier generale degli U-Men. Ciclope incolpa Emma per la morte di Jean avvenuta un anno fa, ma Emma nega, spiegando che era l'istruttrice di Hisako ed era venuta a salvarla. Gli X-Men diffidano di Emma. Poi, lo scienziato pazzo degli U-Men, Todd, lancia un attacco.

Dopo che gli X-Men hanno distrutto il nascondiglio degli U-Men, il corpo di Emma si trasforma in una forma simile a un diamante mentre protegge Hisako da un raggio laser. Si tratta di una «mutazione secondaria» tra i mutanti. Gli X-Men decidono di riportare Emma e Hisako all'Istituto Xavier per esaminarli. Durante il volo, il Blackbird viene attaccato da uno strano...

Il professor Xavier annuncia Hisako ed Emma come nuovi membri degli X-Men. Cyclops si oppone all'adesione di Emma, mentre Hisako inizia il suo addestramento. Hisako è confusa dal potere delle sue abilità. Per conquistare la fiducia di Cyclope, Emma permette al professor Xavier di eseguire un esame telepatico in modo che tutti possano vedere i suoi pensieri.

L'esame telepatico del professor Xavier conferma la lealtà di Emma, riunendo gli X-Men. Xavier percepisce una forza potente nel nord del Giappone che non capiscono. Armati di un vaccino per la sindrome di Damon-Hall, gli X-Men tornano nel nord del Giappone. Ma mentre volano indietro, emerge una forza sconosciuta e molto potente.