シーズン1、エピソード2: 秘密組織、フェニックス財団の一員として再出発したマクガイバー、ジャック、ソーントン、ライリー。任務を終え無事にロスへ戻ったマクガイバーだったが、ソーントンは彼の精神状態を心配する。そんな中、新たな任務が与えられる。それはベネズエラでスパイ容疑をかけられ拘束された米国人女性記者の救出だった。